EEGLAB系列教程5:數(shù)據(jù)預處理2(ICA去偽跡)
今天介紹EEG數(shù)據(jù)處理系列教程5,在前面的幾期中,已經(jīng)介紹了數(shù)據(jù)基本處理過程,可以參見以下鏈接:
EEGLAB系列教程1:安裝和啟動 EEGLAB
EEGLAB系列教程2:在 EEGLAB 中管理數(shù)據(jù)集
(相關資料圖)
EEGLAB系列教程3:在 EEGLAB 中建立location
EEGLAB系列教程4:在 EEGLAB 中預處理數(shù)據(jù)1
在很久之前,我也利用analyzer軟件進行了ICA去噪的教程分享,可以參考鏈接:
獨立成分分析(ICA)
在運行ICA之前,通過前面的系列教程可以剔除了不好的通道和肉眼可見的不好數(shù)據(jù)段。然后在來運行ICA是更好的。
運行 ICA
對連續(xù) EEGLAB 數(shù)據(jù)集進行ICA,選擇Tools → Decompose data by ICA。將調用函數(shù)pop_runica。如使用默認選項運行 ICA,只需按OK即可。
如使用高導聯(lián)(128導及以上),可以將選擇的commandline option參數(shù)進行修改,選取其中的一部分數(shù)據(jù)進行PCA提取成分。
正常運行過程:
ICA 算法
EEGLAB 允許嘗試不同的 ICA 算法。Infomax ICA 使用runica、 Jader 算法使用jamer.m和 SOBI 算法使用sobi.m這些都是EEGLAB 默認算法。通過下拉選擇即可選擇算法。
另外需要使用 FastICA 算法,必須安裝FastICA 工具箱并將其添加到MATLAB 路徑中。
查看 ICA 成分
runica.m給出的成分順序是按每個成分計算的 EEG 方差的降序排列。
IC成分激活(時間進程)
依時間進程查看IC成分,選擇Plot → component activiations(scroll)。滾動瀏覽 ICA 激活,可以很容易地發(fā)現(xiàn)占特征偽影的成分。例如,在下面的展示中,成分 3 可能是眨眼成分。
繪制2-D成分頭皮圖
繪制 2-D 頭皮成分圖,選擇Plot → Component maps → In 2-D。然后由函數(shù)pop_topoplot生成交互式窗口(如下) 。只需按確定即可繪制所有成分。
出現(xiàn)以下圖片,顯示所選成分頭皮顯示圖。
優(yōu)化 ICA 分解的質量
ICA是利用機器學習的算法,對EEG數(shù)據(jù)進行成分分解。它是將所有訓練數(shù)據(jù)都考慮在內,當訓練數(shù)據(jù)中留下太多類型的噪聲—復雜的運動偽影、電極壞道等,這些壞數(shù)據(jù)特征將對ICA分解會產(chǎn)生影響。因此,向 ICA 提供盡可能多的干凈 EEG 數(shù)據(jù)才是最佳的。(剔除較大的明顯的偽跡數(shù)據(jù))
在 ICA 之前與自動偽跡剔除相關的問題
ICA 之前的自動偽跡剔除可能會刪除部分數(shù)據(jù)(如:較大的眨眼等),當然這也可以通過 ICA方法進行校正。但是,降低自動偽跡剔除的閾值可能會保留太多 ICA 無法刪除的偽跡。在這種情況下,推薦以下操作步驟:
1.從已最少清除偽跡(或僅刪除壞通道)的數(shù)據(jù)集開始
2.在這個數(shù)據(jù)集上運行 ICA
3.識別不良 ICA 成分并從數(shù)據(jù)中刪除
4.使用更嚴格的閾值或剔除偽跡方法再次清理ICA后的數(shù)據(jù)集,以刪除數(shù)據(jù)的剩余偽跡部分
將 ICA 應用于分段數(shù)據(jù)而不是連續(xù)數(shù)據(jù)
一般來說,建議對連續(xù)數(shù)據(jù)使用 ICA,而不是已提取的分段數(shù)據(jù)。首先,分段數(shù)據(jù)已經(jīng)減少了樣本數(shù)量,當存在更多數(shù)據(jù)時,ICA 成分的質量會更高些。其次,刪除分段數(shù)據(jù)的基線會對ICA 產(chǎn)生重大影響,因為它會在每個通道中引入隨機偏移,這是 ICA 無法建?;蜓a償?shù)?。雖然可以提取分段時不刪除基線,但是在運行 ICA 之后,基線可能會被刪除。
將 ICA 應用于分段數(shù)據(jù)也是可能的。ICA 期望數(shù)據(jù)是平穩(wěn)的,即相同的統(tǒng)計模型正在生成所有數(shù)據(jù)樣本。如果您在 分段之后有足夠的數(shù)據(jù),那么分段數(shù)據(jù)可能更可取,因為它會更加穩(wěn)定。但是,在對不同事件進行分段以生成不同數(shù)據(jù)集時,我們建議對所有條件使用相同的 ICA 分解。實際上,這可能意味著在運行 ICA 之前創(chuàng)建一個包含所有分段類型的數(shù)據(jù)集。假設所有數(shù)據(jù)在統(tǒng)計上相似,更多的數(shù)據(jù)通常會提供更好的 ICA 分解。更長的時期更可取,因為它們?yōu)?ICA 產(chǎn)生更多數(shù)據(jù)(假設平穩(wěn)性成立。)
自動檢測偽跡ICA成分
目前,Luca Pion-Tonachini的ICLabel插件是 EEGLAB 默認安裝的 EEGLAB 插件,它提供了對每個獨立成分(大腦、眼動、肌肉、線路噪聲等)類型的估計。ICLabel 的目標是開發(fā)一種足夠可靠和準確的腦電圖 IC 分類器,可用于大規(guī)模研究。當前的分類器實現(xiàn)是在數(shù)千個手動標記的 IC 和數(shù)十萬個未標記的 IC 上進行訓練的。更多信息可以在ICLabel 參考文章中找到。
運行 ICA 后,選擇菜單項Tools → Classify components using ICLabel → Label components。只需選擇默認值,然后按 OK。
將彈出以下窗口并要求繪制成分。只需按確定。
單擊一個成分將彈出一個窗口,包含其成分屬性以及屬于每種類型的估計概率。IC 成分將與它們最可能屬于的類別以及屬于該類別的可能性一起繪制。
然后可以選擇菜單項Tools → Classify components using ICLabel → Flag components as artifacts。默認設置是標記那些有超過 90% 的概率屬于肌肉或眼動偽跡(眨眼和眼球運動)類別的成分。使用此功能標記成分時,手動拒絕成分的界面中的按鈕將顯示為紅色(Tools→Reject componengts by map),可以編輯哪些成分將其標記為偽跡。
剔除 ICA 成分
刪除成分,使用菜單欄Tools → Remove components from data。
結果窗口(下圖)中默認包含的前面標記的偽跡成分編號。
可以點擊"Yes"或"Manual reject"按鈕來手動編輯成分列表,如下所示。
輸入需要剔除的成分編號,然后點擊Ok。會彈出對話框窗口,詢問是否要比較剔除成分前后的數(shù)據(jù),如下圖。
單擊Plot single trials按鈕。顯示(下圖)在(黑色)和之后(紅色)分量剔除之前的數(shù)據(jù)。我們可以清楚地看到 ICA 去除眨眼偽跡的效果如何。
如果是在分段數(shù)據(jù)時期中刪除 ICA 成分,可以單擊Plot ERPs按鈕,獲得類似的下圖,繪制通道 ERP 之前(藍色)和之后(紅色)剔除后的數(shù)據(jù)結果。
一旦對結果感到滿意,點擊接受按鈕。將彈出另一個窗口,詢問是否要重命名新數(shù)據(jù)集。輸入新名字,保存數(shù)據(jù)集,然后再次按Ok。
最后附上網(wǎng)絡上總結的經(jīng)典成分識別:
眨眼成分
成分判斷:眨眼成分
判斷依據(jù):
1.在頭皮地形圖的前端分布;
2.ERP圖像中有小方塊;
3.隨機分布;
4.功率譜圖中,低頻能量高;
5.成分排序較為靠前,像這個示例中,為IC3
顏色的深淺有意義,但是紅還是藍無所謂,大紅大藍都可以的。
眼動成分
成分判斷:眼動成分
判斷依據(jù):
1.在頭皮地形圖的前端兩側分布,紅藍相對;
2.在ERP圖像中,長條狀,紅藍相間;
3.隨機分布;
4.在功率譜圖中低頻能量高
5.分量排序靠前,但一般在眨眼后面,在該示例中為IC5.
頭動成分
成分判斷:頭動成分
判斷依據(jù):
1.在頭皮地形圖中分布在周圍;
2.在ERP圖像中呈現(xiàn)長條狀;
3.隨機分布;
4.在單個trial里有非常明顯(非常長)的飄移。
成分判斷:心電成分
成分判斷:心電成分
判斷依據(jù):
1.在ERP圖像中呈雨點般散落狀。
成分判斷:工頻干擾
判斷依據(jù):
1.頭皮地形圖顯示分布在地線周圍;
2.在ERP圖像中單個trail上的分布非常規(guī)律;
3.在功率譜圖中,50Hz左右能量最高(有劇烈的峰值)。
ICA判斷網(wǎng)站,若是對ICA成分不熟悉,可以看看這個網(wǎng)站的介紹
網(wǎng)址:https://labeling.ucsd.edu/tutorial/labels
參考網(wǎng)址:
https://github.com/sccn/ICLabel
https://labeling.ucsd.edu/tutorial/format
Groppe, D. M., Makeig, S., & Kutas, M. (2009). Identifying reliable independent components via split-half comparisons. NeuroImage, 45(4), 1199–1211. https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2008.12.038
Luca Pion-Tonachini, Ken Kreutz-Delgado, Scott Makeig,ICLabel: An automated electroencephalographic independent component classifier, dataset, and website,NeuroImage,Volume 198,2019,Pages 181-197,ISSN 1053-8119,https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2019.05.026.
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本文作者:陳銳
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